puede crear un bucle javascript que haga el trabajo y luego ejecutarlo en mongoconsole.
var dbs = db.getMongo().getDBNames()
for(var i in dbs){
db = db.getMongo().getDB( dbs[i] );
print( "dropping db " + db.getName() );
db.dropDatabase();
}
guárdelo en dropall.js y luego ejecute:
mongo dropall.js