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¿Programador de eventos (cronjob) en MongoDB?

A partir de la versión 3.2, MongoDB no tiene un sistema cronjob incorporado (con la excepción de los trabajos de eliminación automática del índice TTL, pero estos no lo ayudarán a resolver este problema).

Eso significa que tendrá que usar una herramienta externa para iniciar el shell mongo con su consulta como parámetro. Hay innumerables herramientas disponibles para esto, algunas integradas en todos los sistemas operativos comunes listas para usar y otras en forma de herramientas de terceros. Hay demasiadas opciones para enumerarlas todas y cuál es la mejor depende de su infraestructura de TI y de lo que prefieran los administradores de su sistema.