Estás comparando manzanas con naranjas. Ambas consultas devuelven resultados diferentes. $all significa que el valor del campo debe coincidir con todas las entradas, mientras que $in significa que el valor del campo debe coincidir con cualquiera de los valores. $todo es y, $en es o.
Combinado con el límite de $, la consulta $all deberá buscar en más documentos para encontrar la coincidencia en comparación con in.
