Flask-PyMongo collMod

Creo que esto funcionaría suponiendo que url contiene el nombre de la colección con el índice que está modificando:

client.db.command('collMod', url,
                  index={'keyPattern': {'dateCreated':1},
                         'expireAfterSeconds': 3600}})

Para cualquier otra persona que busque una solución a esto, me las arreglé con lo siguiente:

client.db.command('collMod', 'notifications', 
                  index={'keyPattern': {'expr': 1}, 
                         'background': True, 
                         'expireAfterSeconds': 604800})

Lo que da como resultado el siguiente resultado:

{u'expireAfterSeconds_old': 3888000, 
 u'expireAfterSeconds_new': 604800, u'ok': 1.0}