Por lo que vale, mi configuración real es esta, hasta que aparezca (o encuentre) algo claramente mejor:
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Entonces, sí, modelos, vistas, pero hago rutas separadas e implementación de controladores reales. Desacoplamiento, inyección de dependencia hasta el final. Mucho más comprobable/simulable.
