No existe una "mejor" forma de consultar, ya que realmente dependerá de sus necesidades específicas, pero... no puede realizar una sola consulta en varias colecciones (aparte de $lookup función de canalización de agregación en versiones posteriores, como ya sabe).
Deberá realizar varias consultas:una a su post colección, y uno a su comment colección.
Si debe realice una sola consulta, luego considere almacenar ambos tipos de documentos en una sola colección (con alguna propiedad de identificador que le permita filtrar publicaciones o comentarios, dentro de su consulta).
