Actualizar matriz anidada en Meteor

Hay un error en su consulta en owners campo:

Territories.update({
         _id: template.data._id,
         owners: {
             $elemMatch: {
                 _id: this._id
             }
         },
         {
             $push: {
                 'owners.$.notes': {
                     title: "First Title"
                 }
             }
         })

No podrá actualizar directamente desde el lado del cliente, porque usa owners campo y solo _id esta permitido. Para solucionar esto puedes actualizar usando Meteor.methods y llamar a ese método desde el lado del cliente.