Passport.js y Mongoose.js completan el usuario al iniciar sesión; pierde el campo completo en req.user

El problema fue que no estaba completando el campo en la función pasaporte.deserializeUser, aquí está la función actualizada:

//deserialize
passport.deserializeUser(function(id, done) {
    User.findById(id)
    .populate('companyRoles._company', ['name', '_id'])
    .run(function (err, user) {
        done(err, user);
     });
});