Importando csv a mongodb usando código PHP

Realmente esta pregunta podría usar Google, pero solo esta vez, lo que haces es tomar la primera fila del CSV:

 $columns = fgetcsv($fh, 0, ',');
 $nrColumns = count($columns);
 for ($i=0; $i < $nrColumns; $i++)
 {
    if(array_key_exists($columns[$i], $columnsArray)){
        $columnsArray[$columns[$i].$col_inc] = $i;
        $col_inc++;
    }else{
        $columnsArray[$columns[$i]] = $i;
    }
 }

Y úsalo para compararlo con el índice de lo que tienes en $c :

 $user = array();
 for ($c=0; $c < $num; $c++) {
      $user[$columnsArray[$c]] = $data[$c]
      echo 'data--'.$data[$c] . "<br />\n";
  }

y luego usas $user para agregar a la matriz:

$users[] =$user;