Respondido en GitHub aquí:https://github.com/balderdashy/sails-mongo/ problemas/181
Cuando tengas migrate: 'safe'
set Waterline no intentará crear ningún índice en la base de datos. Unique funciona utilizando los índices únicos creados en la base de datos durante una "migración".
Si está en un entorno de producción, debe crear los índices usted mismo y mantener migrate: 'safe'
configúrelo para que Waterline no toque sus datos de producción. En desarrollo, puede configurar migrate: 'alter'
y estos índices deben ser creados.