Reformar todos los documentos de la colección.

Puede usar la aggregation especialmente el $project operador para eso. El $out operador te permite escribir el resultado en otra colección.

db.collection.aggregate([
    { "$project": {
        "_id": "$_id", 
        "name": "$item.name",
        "price": "$item.price", 
        "quantity": "$item.quantity", 
        "date": "$item.date"}
    }, 
    { "$out": "collection"}
])

Sus documentos ahora se ven así:

{
    "_id" : 1,
    "name" : "abc",
    "price" : 10,
    "quantity" : 2,
    "date" : ISODate("2014-03-01T08:00:00Z")
}

También puede sobrescribir la colección preexistente dando a la nueva colección de resultados el mismo nombre pero esto.