Como lo mencionó m4gic y en las preguntas que vinculó (aquí y aquí ), MongoDB no admite eliminaciones en cascada. En su situación, probablemente debería crear una matriz en el objeto Usuario y colocar los documentos secundarios completos en esa matriz en lugar de mantenerlos en su propia colección. De esa manera, se eliminarán junto con el padre, porque son parte de él.
