en realidad no. Este comando (String) puede ejecutar cualquier tipo de comando de base de datos mongo, no javascript arbitrario. Para lo último, necesitaría DB.eval() que bloquearía toda su base de datos a menos que esté usando 1.7.2 mongo o posterior y la opción noblock establecida.
referencias:http://api.mongodb.org/java/2.4-rc0 /index.html http://mongodb.onconfluence.com/display/DOCS/List +de+comandos+de+bases de datos