Ya que está intentando leer desde Secundario a nivel de base de datos. Debe especificar readPreferences "secondaryPreferred" en la URL de conexión para su conjunto de réplicas.
Puede consultar este documento que describe en detalle cómo hacerlo.
Preferencias de lectura con el controlador MongoDB Node.JS
var MongoClient = require('mongodb').MongoClient
, format = require('util').format;
var url = format("mongodb://%s,%s,%s/%s?replicaSet=%s&readPreference=%s"
, "localhost:27017",
, "localhost:27018"
, "localhost:27019"
, "exampleDb"
, "foo"
, "secondaryPreferred");
MongoClient.connect(url, function(err db) {
if(!err) {
console.log("We are connected");
}
});