No creo que esto sea posible actualmente. Creo que su mejor apuesta es usar el campo uniforme sin referirse al índice del elemento. Todos los valores de la matriz se escribirán en el archivo csv y podrá volver a formatearlos correctamente después de la exportación.
mongoexport --db paul --collection team --type=csv --fields _id,official_name,common_name,country,championship,uniform --out "C:\path\to\outputFile\output.csv"
