actualizar múltiples elementos en la matriz mongodb

Debe usar $[] all positional operator para actualizar múltiples elementos en una matriz

Model.update(
  { "_id": 1, "chargeList.date": { "$gt":  ISODate("2013-06-26T18:57:30.012Z") }},
  { "$set": { "chargeList.$[].isDelete": true } }
)