¿Cómo puedo aplanar matrices dobles en mongoDB?

En Mongo 3.4+ puedes usar $reduce para aplanar arreglos 2d.

db.collection.aggregate(
  [
    {
      $project: {
        "countries": {
          $reduce: {
            input: '$Countries',
            initialValue: [],
            in: {$concatArrays: ['$$value', '$$this']}
          }
        }
      }
    }
  ]
)

Documentos:https://docs.mongodb.com/manual/reference/ operador/agregación/reducir/