Supongo que su problema es que solo se actualiza un documento, ¿verdad? Si este es el caso, hay otra configuración que debe especificar en el tercer parámetro (el parámetro de opciones) para el método de actualización:
multiple => true
De lo contrario, solo actualizará la primera coincidencia de su consulta. Consulte la documentación del método de actualización en:
http://de.php.net/manual/en/mongocollection.update .php
