Puedo confirmar que definitivamente es algo con el sistema operativo, ya que lo actualicé y también me encuentro con este mismo problema. Actualmente estoy investigando, si encuentro algo, ¡te lo haré saber!
ACTUALIZACIÓN:
Después de investigar un poco, parece que tiene que ver con la dependencia Go que usa MongoDB. Actualmente MongoDB está usando v1.4.2. Resulta que hay problemas con versiones anteriores de Go en macOS Sierra. https://github.com/golang/go/issues/16570 explica que el problema se resuelve con v1.7. A menos que haya una manera de que MongoDB apunte a Go v1.7, no estoy seguro de si esto se resolverá hasta que MongoDB actualice sus dependencias.
ACTUALIZACIÓN 2: Estaba planeando presentar un error con MongoDB relacionado con el problema hasta que me topé con esto... https://jira.mongodb.org/browse/HERRAMIENTAS-1450 . Parece que MongoDB 3.2.10 usará Go v1.7 y debería solucionar los problemas que usted y yo estamos viendo.
