Ok, encontré la solución para obtener la cadena base64 en un formato GUID dentro del nodo, para convertirlo, esto debe hacerse:
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
y ahora puedo consultar la base de datos de esta manera:
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});