¿Cómo hacer que una variable sea una clave única en mongoose?

Puede agregar una restricción con unique atributo. Esto también agregará un índice "único" para el campo a su colección:

var userSchema = mongoose.Schema({
    username: { type: String, unique: true },
    email: String,
    password: String,
    _todo: [{ type: mongoose.Schema.Types.ObjectId, ref: 'Todo'}]
});