no se puede consultar sobre ListField (EmbeddedDocumentField)

Tendrías que hacer un $elemMatch [1] consulta y no hay soporte incorporado en mongoengine en este momento. Tendrías que hacer un raw consulta así:

Agent.objects.filter(
    name='ashraf',  
    __raw__={"skills": {
        "$elemMatch": {
            "level": {"$gt": 5}, 
            "name": "Computer Skills"
        }
    }}
)

[1] http://www.mongodb.org/display /DOCS/Consultas+avanzadas#Consultasavanzadas-%24elemMatch