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guarde un objeto con una relación bidireccional en mongodb usando el controlador c# oficial

Esto se debe a que tiene un ciclo formado por las clases que se referencian entre sí, claramente el controlador no está equipado para manejar esto y no estoy convencido de que deba hacerlo.

Debe decidir cómo desea que se modelen estos datos en la base de datos.
Si tiene dos colecciones, una de empresas y otra de empleados, entonces, a nivel de datos, solo debe incluir identificaciones para las referencias.

Sin embargo, si solo tiene una colección única de empresas, solo necesita cambiar la clase de empleado para hacer referencia a la empresa con una identificación en lugar de una referencia de objeto.

Sin embargo, esto solo debe suceder en la base de datos, puede extender su modelo en su código c# para agregar automáticamente la referencia del objeto o cargarlo de forma diferida, etc. (evitando seleccionar problemas N+1 como lo hace) dependiendo de lo que sea adecuado para la situación.