¿Cuáles son los inconvenientes de almacenar Guid como String en MongoDB?

Además de la respuesta de gregor, el uso de Guids actualmente evitará el uso del nuevo marco de agregación, ya que se representa como un tipo binario. De todos modos, puedes hacer lo que quieras de una manera más fácil. Esto permitirá que la biblioteca mongodb bson se encargue de realizar las conversiones por usted.

public class MyClass
{
  [BsonRepresentation(BsonType.String)]
  public Guid Id { get; set;}
}