Usando el controlador mongo C #, ¿cómo serializar una matriz de objetos personalizados para almacenarlos?

Desafortunadamente, tuve el mismo problema y terminé creando un método de extensión para ayudarme a solucionarlo.

    public static BsonArray ToBsonDocumentArray(this IEnumerable list)
    {
        var array = new BsonArray();
        foreach (var item in list)
        {
            array.Add(item.ToBson());
        }
        return array;
    }

entonces deberías poder hacer:

productCollection.Update(query, Update.Set("store", storeList.ToBsonDocumentArray()));