Acabo de encontrarme con un problema similar en mi código. Para el mío, estaba tratando con un objeto dentro de mi documento de usuario. Tuve que ejecutar un user.markModified('object') antes del user.save() para garantizar que los cambios se guardaron en la base de datos. Mi teoría actual es que Mongoose no estaba rastreando elementos no configurados o eliminados de la base de datos automáticamente
