Una solución podría ser usar el ordered parámetro de insert_many y establézcalo en False (el valor predeterminado es True ):
my_collection.insert_many(to_insert, ordered=False)
De la documentación de PyMongo:
Aunque, aún tendría que manejar una excepción cuando no se pudieran insertar todos los documentos.
Dependiendo de su caso de uso, puede decidir pass , registrar una advertencia o inspeccionar la excepción.
