¿Cómo agregar el método de esquema en mongoose?

Creo que sí, ¿querías métodos de instancia? ¿Es eso lo que quisiste decir con los métodos Schema? Si es así, puedes hacer algo como:

var mySchema = new Schema({
      name: {
      type: String
},
   createdAt: {
   type: Date, 
   default: Date.now
}
});

mySchema.methods.changedName = function() {
    return this.name + 'TROLOLO';
};

Something = mongoose.model('Something', mySchema);

Con eso puedes hacer:

Something.findOne({ _id: id }).exec(function (error, something) {
   something.changedName();
});