cómo actualizar el objeto anidado del documento mongoose solo para las claves proporcionadas

Como indicaron la mayoría de las respuestas, debe usar notación de puntos para actualizar documentos incrustados y responder a su pregunta anterior, use el siguiente método de ayuda que aplica la recursividad para convertir un objeto dado a su representación de notación de puntos:

function convertToDotNotation(obj, newObj={}, prefix="") {

  for(let key in obj) {
      if (typeof obj[key] === "object") {
          convertToDotNotation(obj[key], newObj, prefix + key + ".");
      } else {
          newObj[prefix + key] = obj[key];
      }
  }

  return newObj;
}


let params = {
   address: {
      city: {
         location: {
            street: "new street"
         }
      }  
   }
};

const dotNotated = convertToDotNotation(params);
console.log(JSON.stringify(dotNotated, null, 4));