MEAN-Stack guarda una matriz en MongoDB con mangosta

Cambie su esquema a este y debería funcionar:

var mongoose = require('mongoose'),
  Schema = mongoose.Schema;

/**
 * Article Schema
 */
var ArticleSchema = new Schema({
  created: {
    type: Date,
    default: Date.now
  },
  user: {
    type: Schema.ObjectId,
    ref: 'User'
  },
  alert: []
});


mongoose.model('Article', ArticleSchema);

Logré guardar matrices en mongodb simplemente especificando [] en el esquema y luego puede guardar varios objetos en la matriz.