Operador posicional MongoDB $

Desafortunadamente, ahora no es posible actualizar todos los documentos en la matriz:consulte el ticket MongoDB JIRA elementos en una matriz .

Puede actualizar cada documento manualmente:

db.MyDB.find({}).forEach(function(doc) { 
  doc.myArray.forEach(function(item) { 
     if (item.b === true) 
        item.b = false; 
  }); 

  db.MyDB.update({ "_id": doc._id }, { "$set": { "myArray": doc.myArray }});
});