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Omitir y limitar para la paginación de un agregado de Mongo

Tu problema no es con skip() y limit(); eso esta funcionando bien El problema es con su lógica general; está iterando las 39 colecciones en el primer ciclo y luego agregando cada resultado de la agregación a cursor_list .

No puedo entender la lógica de lo que está tratando de hacer, ya que el primer ejemplo está buscando en una colección de palabras y el segundo está buscando en todas las colecciones un campo de palabra; Dicho esto, es probable que puedas simplificar tu enfoque a algo como:

offset = 0
per_page = 10
collections = db.list_collection_names()
#
# Add some logic on the collections array to filter what is needed 
#
print(collections[offset:offset+per_page])

EDITAR para reflejar los comentarios. Ejemplo completo de una función para realizar esto. No se necesita una consulta de agregación:esto agrega complejidad.

from pymongo import MongoClient
from random import randint

db = MongoClient()['testdatabase1']

# Set up some data
for i in range(39):
    coll_name = f'collection{i}'
    db[coll_name].delete_many({}) # Be careful; testing only; this deletes your data
    for k in range (randint(0, 2)):
        db[coll_name].insert_one({'word': '123456'})

# Main function
def test(offset, per_page, word_to_find):
    found = []
    collections = db.list_collection_names()
    for collection in sorted(collections):
        if db[collection].find_one({word_to_find: { '$exists': True}}) is not None:
            found.append(collection)

    print(found[offset:offset+per_page])

test(offset=0, per_page=10, word_to_find='word')