MongoDB incluye un perfilador simple. Consulte aquí:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Database+ Perfilador
Si establece el nivel de creación de perfiles en 2, todas las consultas se escribirán en la colección "system.profiler" para que pueda echar un vistazo. Si establece el nivel de generación de perfiles en 1, solo se escribirán las consultas lentas (de forma predeterminada, se definen como consultas más lentas que 100 ms, pero este es un parámetro configurable).
Para diagnosticar consultas lentas, la funcionalidad "explicar" también es muy útil. Consulte aquí http://www.mongodb.org/display/DOCS/Explain
Una vez que sepa qué consultas son lentas, puede usar la explicación para averiguar qué índice está usando (o no) la base de datos.