Probablemente necesites escribir un gancho en Erlang. Consulte la documentación de ejabberd para eventos y hooks Específicamente este :
user_send_packet(From, To, Packet) -> ok
Utilice el controlador erlang para mongodb . Si eso "no es posible"/"demasiado difícil", le sugiero que llame a un script PHP/Python/Ruby que simplemente almacena el mensaje en mongodb. Es fácil de hacer, pero no escalará muy bien.
Espero que esto ayude.
Algunos enlaces:ejemplos de controladores mongodb-erlang Erlang
PD:Ha pasado algún tiempo desde que usé eJabberd. Cualquier corrección es bienvenida.