El .Where la consulta se realiza en la memoria a través de IEnumerable.Where porque se realiza en el resultado de Find llamada que establece la consulta MongoDB a realizar.
Incorporar el .Where consulta en el Find , puede crear una nueva consulta que combine las dos consultas juntas:
query = Query.And(query, Query<YourType>.EQ(x => x.something, something));
var result = collection.Find(query);
