Su código asíncrono es defectuoso y su db.close() la línea se ejecuta antes de su insert asíncrono todos los comandos se han completado. Debe controlar el flujo de su programa para A) no tener un millón de inserciones simultáneas en la base de datos o en cola y B) esperar hasta que Mongo las haya procesado todas antes de cerrar la conexión. Considere una biblioteca auxiliar como async.forEach para ayudar con esto si no quieres codificarlo tú mismo.
