Detrás de escena, una cita de mangosta es como una date
en javascript:almacena horas, segundos, etc. No hay distinción con fecha/fecha y hora como en SQL. Por un centavo, por una libra. Dicho esto, es solo una cuestión de exhibición.
La razón es que mongo no soporte este tipo de tipo. Podría crear un objeto con propiedades de año/mes/día, pero sería una molestia tratar con él.