MongoDB elimina elementos dependiendo de todos los demás elementos (iteración)

Entonces, según su ejemplo, desea generar el ranktime a menos que es SOURCE2 y la misma fecha ya se ha agregado a la salida (pero solo para SOURCE2 ).

Puedes usar $reduce como anteriormente, pero debe escanear los elementos agregados previamente que se pueden lograr usando $ cualquierElementoVerdadero operador y dado que su salida contiene el tercer elemento, asumo que la fecha repetida es una condición de parada solo si se ha agregado la misma fecha para SORUCE2 entonces $filter también se necesita para preparar el conjunto de SOURCE2 agregados previamente s:

db.col.updateMany({}, [
    {
        $set: {
            ranktime: {
                $reduce: {
                    input: "$ranktime",
                    initialValue: [],
                    in: {
                        $cond: [ 
                            { 
                                $and: [ 
                                    { "$eq": [ "$$this.source", "SOURCE2" ] },
                                    {
                                        $anyElementTrue: {
                                            $map: {
                                                input: { $filter: { input: "$$value", as: "prev", cond: { $eq: { "$$prev.source", "SOURCE2" } } } }, // already added SOURCE2 elements
                                                as: "addedElement",
                                                in: { "$eq": [ { $substr: [ "$$addedElement.datum", 0, 15 ] }, { $substr: [ "$$this.datum", 0, 15 ] } ] }
                                            }                        
                                        }
                                    }
                                ]
                            },
                            "$$value", // skip current element ($$this) 
                            { $concatArrays: [ "$$value", [ "$$this" ] ] } // add current element to the output
                        ]
                    }
                }
            }
        }
    }
])

Patio de juegos Mongo