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¿Cómo podemos realizar una consulta de documentos incrustados a través del controlador Java?

Si te entiendo correctamente, puedes encontrar la respuesta a tu pregunta a continuación.

Digamos que tiene el siguiente documento anidado.

{ "key1" : "value1",
  "key2" : {
             "key21" : "value21",
             "key22" : "value22"
           }
}

Si desea realizar una consulta en los documentos anidados, puede acceder al objeto incrustado utilizando el siguiente código Java.

DBCollection coll = db.getCollection("collectionName");
BasicDBObject query = new BasicDBObject();
query.put("key2.key21", new BasicDBObject("$eq", "value21"));
DBCursor cur = coll.find(query);

Si desea extraer un documento incrustado del documento, puede usar Map/Reduce o Marco de agregación.

A Ian Daniel se le sigue agregando el código para insertar los documentos anidados que le pediste. También puede visitar esto página para ver algunos ejemplos detallados.