¿Qué hay de malo en que MongoDB elimine la consulta usando mongodb java para la sub-matriz del documento?

En lugar de eliminar, intente $pull código de método como se muestra a continuación

BasicDBObject match = new BasicDBObject("_id", object id here);
BasicDBObject update = new BasicDBObject("nodes", new BasicDBObject("index", 7)))
node_info.update(match, new BasicDBObject("$pull", update);