Actualice el campo dentro de la lista usando el controlador MongoDB C#

Puedes usar UpdateMany del controlador MongoDB C# con posicional all operador:

var filter = Builders<YourModel>.Filter.Exists(x => x.Students);

FieldDefinition<YourModel, bool> field = "Students.$[].IsNew";
var update = Builders<YourModel>.Update.Set(field, false);

Col.UpdateMany(filter, update);

EDITAR:puedes usar .Exists() como filtro para asegurarse de que Students matriz está presente en todos los documentos que se actualizan