Debe agregar un paso de $group a la canalización.
El _id del grupo será lo que está sumando (en este caso, una constante ya que desea un total general). Dado que desea conservar la lista de facturas, puede acumularlas en un campo de matriz a través del operador $push. Las sumas para el total y la cantidad se manejarían con $sum.
{$group : { _id : 1,
Total : { $sum : "$total" },
ItemCount : { $sum : "$qty" },
Invoices : { $push : { id : "$_id", created : "$created" }}
} }