No parece que las comillas dobles se almacenen en el campo Mongo como parte de la cadena. Si lo fueran, la salida JSON se vería así:
{ "database" : "\"mkyongDB\"" }
Entonces, probablemente sea el resultado de cómo se analiza el JSON.
¿El controlador de Java deserializa el JSON en la clase DBObject? Tal vez acceda al campo llamando a algo como dboject.get("database") y convertir el resultado en una cadena?
También vale la pena consultar el Java Language Center , hay un montón de enlaces a tutoriales, bibliotecas y marcos para el mapeo POJO que pueden hacer la vida más fácil.
