¿Cómo permitir un campo nulo al actualizar en Mongoose?

Crea tu update objeto programáticamente para no incluir 'contact.phone' cuando no se proporciona:

var update = {
    name : venue.name
};
if (venue.contact.formattedPhone) {
    update['contact.phone'] = venue.contact.formattedPhone;
}
Venue.update({_id : venue.id}, update, {upsert: true, safe:false}).exec();