El bucle no genera verdadero o falso según la consulta

Un problema que tiene es la ubicación en la que intenta registrar el resultado de isFriend. Actualmente se está registrando justo después de establecer isFriend en falso al ingresar al bucle de búsqueda.

Esa instrucción debe moverse justo después del bucle for interno.

Sin tener todas las entradas, es muy difícil adivinar dónde podría estar el problema.

Usando lo siguiente como entrada (¿Puede proporcionar cuál es la entrada real en formato JSON?):

var users = [
    {
        lastName: 'Smith',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000001"
    },
    {
        lastName: 'Jones',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000002"
    },
    {
        lastName: 'Macks',
        '_id': "51ee2017c2023cc816000003"
    }
];

var signedInUser = {
    friendRequest: [{
        "friendId": "51ee2017c2023cc816000002",
        "read": 0,
        "date_requested": "2013-07-23T06:29:39.021Z"
    }, {
        "friendId": "51ee203cc2023cc816000003",
        "read": 0,
        "date_requested": "2013-07-23T06:42:37.872Z"
    }]
};

function test(err, signedInUser) {
    console.log("\nsignedInUser.friendRequest\n" + JSON.stringify(signedInUser.friendRequest, null, 2));
    for (var x = 0; x < users.length; x++) {
        users[x].isFriend = false;
        console.log("\n" + users[x].lastName);
        for (var i = 0; i < signedInUser.friendRequest.length; i++) {
            console.log(users[x]._id + ' - ' + signedInUser.friendRequest[i].friendId);
            if (users[x]._id === signedInUser.friendRequest[i].friendId) {
                users[x].isFriend = true;
                console.log('test');
                break;
            }
        }
        console.log(users[x].isFriend);
    }

    console.log("\nFinal users:\n" + JSON.stringify(users, null, 2));
}

test(null, signedInUser);

Veo los siguientes resultados:

signedInUser.friendRequest
[
  {
    "friendId": "51ee2017c2023cc816000002",
    "read": 0,
    "date_requested": "2013-07-23T06:29:39.021Z"
  },
  {
    "friendId": "51ee203cc2023cc816000003",
    "read": 0,
    "date_requested": "2013-07-23T06:42:37.872Z"
  }
]

Smith
51ee2017c2023cc816000001 - 51ee2017c2023cc816000002
51ee2017c2023cc816000001 - 51ee203cc2023cc816000003
false

Jones
51ee2017c2023cc816000002 - 51ee2017c2023cc816000002
test
true

Macks
51ee2017c2023cc816000003 - 51ee2017c2023cc816000002
51ee2017c2023cc816000003 - 51ee203cc2023cc816000003
false

Final users:
[
  {
    "lastName": "Smith",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000001",
    "isFriend": false
  },
  {
    "lastName": "Jones",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000002",
    "isFriend": true
  },
  {
    "lastName": "Macks",
    "_id": "51ee2017c2023cc816000003",
    "isFriend": false
  }
]

Aparte de que la declaración de registro está en el lugar equivocado (no creo que haya cambiado la semántica de su código), con este conjunto de entradas, la lógica funciona. Es probable que la entrada que esperaba no sea la que está recibiendo.

Resulta que el OP estaba usando el controlador nativo mongoose para nodejs y, después de investigar, encontró la respuesta a la parte de comparación del problema aquí:Comparando mongoose _id y cadenas