Si pudiera publicar un ejemplo de dos versiones de la misma funcionalidad que desea comparar, podría darle una mejor explicación, pero como no proporcionó ningún ejemplo, solo puedo hablar en general.
Algunas de las diferencias se deben a que el shell de Mongo ejecuta todo secuencialmente. En Node, debe usar devoluciones de llamada o promesas para el control de flujo que no hace en el shell de Mongo.
También hay algunas diferencias en la forma de acceder a las colecciones. En el shell de Mongo, normalmente usa db.collectionName .
También en el shell de Mongo tiene algunas cosas predefinidas, como funciones relacionadas con los identificadores de objetos, por ejemplo.
Y finalmente Mongo usa BSON para datos y en Node usas literales de objeto de JavaScript (más como JSON pero menos estricto).
Node usa V8 más funcionalidad adicional y Mongo shell usa SpiderMonkey, sin ninguna funcionalidad disponible en Node.
Todo tiene consecuencias en diferencias sutiles.
Para más detalles ver:
