En la sintaxis de MongoDB hay un $in operador que funciona exactamente como intersect+any cuando desea hacer coincidir una matriz en memoria con otra matriz incrustada en su documento.
En el controlador MongoDB C# puede usar AnyIn
para aplicar ese operador para dos matrices. Prueba:
db.col.save({ Collection: [1,2,3] })l
Luego en C#:
var filterBuilder = Builders<YourModel>.Filter;
var inMemoryList = new List<int>() { 3, 4, 5 };
var result = Col.Find(filterBuilder.AnyIn(x => x.Collection, inMemoryList)).ToList();