Documento complejo agregado de Mongodb con búsquedas anidadas

Has hecho $unwind dos veces, entonces necesitas usar dos $group .

{
  $group: {
    _id: {
      secId: "$_id",
      fId: "$Sections.id"
    },
    Type: {
      $first: "$Type"
    },
    Name: {
      $first: "$Name"
    },
    Header: {
      $first: "$Sections.Header"
    },
    fieldItems: {
      $push: "$Sections.FieldItems"
    }
  }
},
{
  $group: {
    _id: "$_id.secId",
    Type: {
      $first: "$Type"
    },
    Name: {
      $first: "$Name"
    },
    Sections: {
      $push: {
        id: "$_id.fId",
        Header: "$Header",
        fieldItems: "$fieldItems"
      }
    }
  }
}

1. Primer grupo:para agrupar objetos secundarios. Pero Tipo, Nombre y Encabezado debe establecerse en la matriz principal y secundaria respectivamente.
2. Segundo grupo:para agrupar objetos principales. Obtenemos todos los campos independientes mientras agrupamos a child. Aquí solo tenemos que configurarlo en el orden correcto.

Trabajando Zona de juegos de Mongo

Nota:cuando usas $lookup , proporcionará una matriz. Pero hay algunos lugares en los que simplemente lo haces como objeto. No sé si te unes en una relación uno a uno o no. Si es así, puede usar operador posicional en proyección o arrayElemAt