Creo que estás hablando del controlador, no de PHP en sí. PHP no tiene soporte integrado para acceder a \Mongo* clases hasta que compile y cargue la extensión especial.
Como está hablando de la última versión de MongoDB, creo que no pudo usar algunas partes de su funcionalidad porque tenía un controlador antiguo (digamos, 1.2.12). Cuando actualizó PHP, probablemente también actualizó el controlador a la última versión estable (1.3.0). Esa versión del controlador se envió hace un par de días y es compatible con todas las características más recientes que ofrece MongoDB.
De todos modos, si desea verificar qué versión de controlador tiene, puede llamar a phpinfo(8) desde su PHP y mire la salida para el mongo sección, donde se muestra la versión del controlador.
