Simplemente filtre por el name propiedad, que denota el nombre de la base de datos. Y para enumerar las bases de datos que comienzan con un prefijo dado, puede usar una expresión regular que sea ^prefix_ :
filter := bson.M{"name": primitive.Regex{Pattern: "^prefix_"}}
Otras opciones de filtro se enumeran en listDatabases comando
página:
Y puede usar un bson.M{} vacío para insertar un documento vacío (_id se agregará, por supuesto).